U razdoblju od 2016. do 2019. godine značajnija investicijska ulaganja odnosila su se na financijska sredstva koja je Ministarstvo zdravstva osiguravalo na godišnjoj razini za kapitalna ulaganja. Tijekom navedenog razdoblja, Klinika je ukupno izvršila kapitalnih ulaganja u visini oko 2 mil. EUR, i to poglavito za nabavu medicinske i nemedicinske opreme.
Tijekom 2020. godine Klinika je zaprimila značajne donacije za pomoć tijekom trajanja pandemije od fizičkih i pravnih osoba što je značajno doprinijelo radu i funkcioniranju Klinike tijekom pandemije, i kasnije. U studenom 2020. godine Klinika je potpisala ugovor o dodjeli bespovratnih sredstava za projekt Operativnog programa konkurentnost i kohezija po nazivom KK.08.1.2.03.0036 Ulaganje u učinkovitost i pristupačnost dnevne bolnice Klinike za infektivne bolesti „Dr. Fran Mihaljević“ ukupne vrijednosti bespovratnih sredstava 6.5 mil. EUR.
U razdoblju od 2021. do 2023. Klinika je provela četiri operacije financirane sredstvima Fonda solidarnosti Europske unije i Mehanizma za oporavak i otpornost, ukupne ugovorene vrijednosti 10.5 mil. EUR. Istovremeno je u razdoblju od 2020. do 2023. godine Klinika nastavila izvršavati godišnja kapitalna ulaganja i iz dostupnih sredstava Državnog proračuna dodijeljenih od strane Ministarstva zdravstva te iz donacija u ukupnoj vrijednosti 7 mil. EUR.
